Tahun 1949 Prof. Notonagoro diminta untuk ikut membantu mendirikan Universitas Gadjah Mada di Yogyakarta, kemudian, menjadi dosen tamu yang mengajar hukum agraria. Tiga tahun selepas itu, beliau diangkat menjadi dekan Fakultas Hukum.

Dengan didasarkan pada ketertarikan Mubyanto di dunia ekonomi menghantarkan beliau untuk melanjutkan pendidikannya di Vanderbilt University, Tennesse dan berhasil meraih gelar Master of Arts tahun 1962.